Die meisten Binnenwasserstraßen wie Rhein, Oder, Elbe oder Donau können kostenfrei genutzt werden. Diese Regelung stammt zum Teil noch auch aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Damals wurde beispielsweise in der "Mannheimer Akte" multinational festgelegt, dass die Erhebung von Benutzungsgebühren auf dem gesamten Rhein-Schifffahrtsgebiet verboten ist [Päll09, S. 21].

Kostenpflichtig ist seit 2019 nur noch das Befahren des Nord-Ostsee-Kanals (NOK) und der Mosel [GDWS19]. Zur Abfederung der Konjunktureinbrüche im Rahmen der Corona-Pandemie, wurde die Erhebung der Befahrensabgabe auf dem Nord-Ostsee-Kanal für den Zeitraum Juli 2020 bis Dezember 2021 vorübergehend ausgesetzt. Die Höhe der Befahrungsabgabe richtet sich für den NOK nach Art und Bruttoraumzahl des Schiffs und im Falle der Mosel nach Art und Transportgut [NOKBefAbgV; wsv08]. Die Schifffahrtsabgaben auf der Mosel werden durch Änderung eines internationalen Abkommens mit den Anrainerstaaten Frankreich und Luxemburg zum 1. Juli 2025 ebenfalls abgeschafft [BMDV24al, S.61; BDB23, S.5]. Nach wie vor werden Abgaben für die Befahrung des Nord-Ost-See-Kanals erhoben. Die Durchfahrtskosten unterscheiden sich je nach Verkehrsgruppe beziehungsweise Bruttoraumzahl und beinhalten unter anderem die Kosten für die Seelotsleistungen (Lotsgeld), die Kosten für die Bereitstellung von Lotseinrichtungen (Lotsabgaben) und Kanalsteurerabgaben [WSV24].

Im Gegensatz zu anderen Verkehrsinfrastrukturen sind die Binnenwasserstraßen in Deutschland größtenteils haushaltsfinanziert und nur ein geringer Teil der Infrastrukturkosten wird den Nutzern über Gebühren angelastet. Im Jahr 2024 wurden knapp 725 Millionen Euro für Ersatz-, Aus- und Neubaumaßnahmen an Bundeswasserstraßen bereitgestellt, rund 130 Millionen Euro mehr als 2023 [Roes23]. Die Lobbygruppen der Binnenschifffahrt verteidigen diese Ausnahmeposition unter anderem damit, dass im Gegensatz zu anderen Verkehrsinfrastrukturen die Wasserstraßen nicht nur von Binnenschiffen genutzt werden, sondern dass sie auch anderen Zwecken, wie zum Beispiel der Trinkwasseraufbereitung und dem Hochwasser- und Naturschutz dienen. Demnach könnten der Binnenschifffahrt nur ein Teil der Kosten auferlegt werden. Ebenso ist eine Attraktivierung in Form von Reduzierung oder Abschaffung der Abgaben hilfreich zum Erreichen der ökologischen Ziele im Transportsektor. Die Binnenschifffahrt emittiert je transportierter Tonne zum Beispiel nur einen Bruchteil der CO₂-Emissionen, die ein Transport auf der Straße verursachen würde [AlBiCo24, S. 88/119].

Jedoch ist anzumerken, dass sich im Laufe der letzten Jahrzehnte die gesellschaftlichen Präferenzen in Richtung freier Naturentfaltung und gegen Kanalisierung entwickelt haben, und dass Nebenwirkungen der Kanalisierung (zum Beispiel ein Mangel von Pufferungsfunktionen bei Hochwassern) evident werden. Eine weitere Attraktivierung der Binnenschifffahrt wird seit 2019 durch die Erlassung der Hafen- und Ufergelder an bundeseigenen Häfen und Umschlagstellen erreicht [wsv19b]. Sonstige Häfen (wie zum Beispiel Häfen privater Betreiber, kommunale Häfen, landeseigene Häfen, et cetera) sind hiervon möglicherweise ausgenommen. Ein Hafengeld kann für das Anfahren des Hafens und die wasserseitige Nutzung der Hafeninfrastruktur erhoben werden. Das Hafengeld richtet sich vorrangig nach Gewicht (Tragfähigkeitstonnage oder Bruttoraumzahl), unter Umständen aber auch nach den Abmessungen des Schiffes. Für fest stationierte Passagierschiffe wird das Hafengeld nach der Anzahl der Sitze festgelegt. Darüber hinaus fallen Gebühren für die Nutzung der uferseitigen Infrastruktur des Hafens - zum Beispiel für die Kaianlage und die Entsorgung von Abfall an. Das Ufergeld richtet sich nach dem Bruttogewicht der umgeschlagenen Güter.

Insgesamt gibt es europaweit eine sehr heterogene Tarifstruktur (und -höhe). Gebühren für die Benutzung der Schleusen können aufgrund der Schiffsmerkmale (Art und Größe des Schiffs), Frachtmerkmale (Art und Volumen der Fracht, Anzahl der Fahrgäste), der Tageszeit und Häufigkeit der Fahrt variieren [FrMü06a]. Aufgrund der Komplexität und Intransparenz des derzeitigen Systems ist laut Meersman et alia [Meer02] hinter den Hafengebühren kein eindeutiges Bepreisungsschema zu erkennen. Das Forschungsprojekt REVENUE hat die Bepreisungsformen von Häfen untersucht und kommt zu dem Ergebnis, dass die Häfen oftmals nicht öffentlich reguliert sind und daher ihre Preise frei setzen können. In der Praxis führt dies zu einer wettbewerblich geprägten Preisstrategie.

Ein Teil der europäischen Häfen gewährt umweltfreundlichen Schiffen Rabatte auf die Hafengebühren, um einen Anreiz für Nachhaltigkeit in der (Binnen-)Schifffahrt zu setzen. So wird beispielsweise seit 1996 in einigen schwedischen Häfen eine Preisdifferenzierung anhand von Umweltkriterien angewendet. Mit Hilfe differenzierter Hafen- und Wasserweggebühren sollten so die Stickstoffoxid- und Schwefeldioxid-Emissionen um 75 Prozent innerhalb von fünf Jahren zu reduziert werden. Circa 20 von insgesamt 52 schwedischen Häfen haben nachfolgend umweltdifferenzierte Hafengebühren eingeführt [GuKi08]. Auch in Deutschland rabattieren einzelne Hafenbetreiber wie die Hamburg Port Authority (HPA) oder Niedersachsen Ports (NPorts) bereits umweltfreundliche Schiffe [HPA17; NiPo21]. Im Rahmen des Masterplan Binnenschifffahrt (Stand 2024) wird eine allgemeine beziehungsweise umweltdifferenzierte Senkung der Hafengebühren in Deutschland diskutiert. Eine pauschale Senkung oder kompensationsfreie Rabattierung wäre demnach jedoch schwierig [BMDV24al, S.61].

Die deutschen Küstenländer werden seit 2005 auf Basis des Seehafenfinanzierungsgesetzes [SeehFinHG] im Unterhalt der Seehäfen mit einem festen Betrag von insgesamt rund 38 Millionen Euro unterstützt. Dieser Betrag ist allerdings laut Hafenunternehmen und Politik der Küstenländer zu gering dimensioniert, um die internationale Wettbewerbsfähigkeit zu gewährleisten. Um die internationalen wie nationalen Wettbewerbsbedingungen für deutsche See- und Binnenhäfen zu verbessern, werden mit der Nationalen Hafenstrategie unter anderem die Sicherung der Finanzierung sowie eine Anpassung (europaweiter) steuerlicher Regelungen angestrebt [BMDV24am]. Der Kostendeckungsgrad ist bei Binnenhäfen tendenziell noch geringer als bei Seehafeninfrastrukturen [Stuc10, S. 32].