Im ursprünglichen Action Plan der Europäischen Kommission zur Ostseestrategie der EU (EUSBSR) wurde der Seeverkehr vor allen in den Pfeilern (1) Umweltschutz, (3) Infrastruktur und (4) Sicherheit der Strategie und des Aktionsplans angesprochen oder über Förderung von Hinterlandanbindungen oder im Wettbewerb stehenden Verbindungen berührt [Brei10b; EuKom09g; EUKom09m]. Im März 2012 spezifizierte die Europäische Kommission die allgemeinen Ziele der Strategie zu "Bewahrung der Ostsee, "Anbindung der Region und "Steigerung des Wohlstandes. Zur Anpassung an diese Ziele wurde im Februar 2013 ein neuer Action Plan (EUSBSR) herausgegeben, der bei allen drei Zielen auf verschiedene Aspekte des Seeverkehrs eingeht [EuKom13f, S. 8]. Seitdem wird der Aktionsplan regelmäßig überarbeitet und dabei stärker auf die unveränderten Kernziele fokussiert.

Diese Themen reflektieren den von der Helsinki-Kommission (HELCOM) 2007 beschlossene Ostsee-Aktionsplan (BSAP), dessen Umsetzung als strategische Aktion benannt wird, sowie die integrierte Meerespolitik der EU. Der Seeverkehr wird in allen Prioritäten berührt. Strategische Aktionen zielen unter anderem auf die Reduzierung von Schiffsabwässern, -abfällen und -emissionen sowie das Ballastwassermanagement. Ein Projekt betrifft die Flüssiggas-Infrastruktur für den Kurzstreckenseeverkehr. Ziel ist es, die Ostsee zur Modellregion für eine umweltverträgliche Schifffahrt zu machen [EuKom13f, S. 24-29].

Der Ostseeraum erstreckt sich über weite Entfernungen und wird von der Ostsee sowohl durchtrennt als auch verbunden. Aufgrund dieser geographischen Besonderheit und der kulturellen Vielfalt in der Region liegt ein Fokus im Action Plan der EU darauf, Verbindungen zwischen den verschiedenen Ländern und Regionen in der Kommunikation, im Transport und in der Energieinfrastruktur zu schaffen [EuKom13f, S.32].

Um den Wohlstand des Ostseeraums zu steigern, sind im EUSBSR Aktionen enthalten, die die Unternehmenstätigkeit, die Innovation, den Handel und das internetgestützte Wachstum fördern.

Aus den Zielen sind 17 Priority Areas abgeleitet worden, die später zu 14 zusammengefasst wurden, die Bereiche für die makroregionale Zusammenarbeit darstellen, die sich mit den zentralen Herausforderungen und Möglichkeiten in der Region beschäftigen. Beispiele sind die Förderung von sauberer Schifffahrt und die Verbesserung der Transportverbindungen innerhalb des Ostseeraums und nach außen [EuKom13f, S. 49-151].

Als horizontale Aktionen bedeutsam für den Seeverkehr sind die Bezüge zu maritimer Raumplanung und Integriertem Küstenzonenmanagement (IKZM) hinsichtlich Flächenplanung und Flächenvorsorge für die Entwicklung der Seehäfen.