Wurde eine Entscheidung zugunsten der Vorhaltung und des Betriebs einer nutzerfinanzierten Infrastruktur gefällt, so stellt sich die Frage, wie die Gebührenerhebung gestaltet werden soll. Die Art der Erhebung orientiert sich an den Zielen, die verfolgt werden, sowie am technischen und organisatorischen Potenzial des Infrastrukturbetreibers. Sollen lediglich die Infrastrukturkosten auf die Nutzer umgelegt, aber keine Änderung des Verhaltens herbeigeführt werden, so kann eine zeitbezogene Gebühr, beispielsweise in Form einer Vignette geeignet sein. Diese kann je nach Betreiber für ein gesamtes Netz (wie zum Beispiel das Autobahnnetz in der Schweiz) oder nur für einzelne Teilabschnitte gelten. Verursachungsgerechter stellt sich eine streckenbezogene Erhebung dar, sowohl unter dem Aspekt der tatsächlichen Inanspruchnahme als auch einer möglicherweise politisch gewünschten Lenkungswirkung.

Die Festlegung von Gebührenhöhen für die Infrastrukturnutzung kann sich direkt an den Kosten orientieren, wie dies bei Voll- und Grenzkostenpreisen der Fall ist [Aber09a]. Allerdings gibt es bei den direkt kostenbasierten Gebühren Zuordnungsprobleme (Fixkostenumlage bei Vollkosten) oder Subventionserfordernisse (bei Grenzkostenanlastung). Daher sind Verfahren mit indirekter Kostenbasierung entwickelt worden, bei denen die Deckung der Gesamtkosten angestrebt wird, die Preise aber zusätzlich nach kostenunabhängigen Kriterien gebildet werden. Dazu zählen Peak Load Pricing, Ramsey Pricing oder mehrstufige Tarife [Aber09ac]. Letztlich kann sich die öffentliche Preisregulierung vollständig von den Kosten lösen und nur Obergrenzen in Form von Price Caps oder Revenue Caps einführen, während Netzunternehmen unterhalb dieser Grenzen Gestaltungfreiheit bei den Gebühren haben.